OncoMX知识库可改善癌症生物标志物的探索和研究

时间:2020-03-25 14:40:47 来自:仰和健康

在乔治华盛顿大学(GW)最近发表的一篇文章中讲到,OncoMX知识库将在综合癌症资源和相关证据的背景下改善癌症生物标志物的探索和研究。该文章发表在《临床肿瘤学临床癌症信息学杂志》上,是名为“用于癌症研究和护理的信息学工具”的特殊系列的一部分。

癌症生物标志物是一种生物指纹,是体液或组织中的分子,可以指示与各种癌症相关的过程。随着越来越多的研究和资金投入,越来越多的潜在新型癌症生物标志物被报道。但是,在初始结果的可重复性、临床验证以及获得统一的生物标志物数据方面仍然存在挑战。

OncoMX是用于探索癌症生物标志物数据以及相关证据的知识库和门户网站,主要用于将癌症生物标志物和相关数据类型集成到元门户中,从而能够与其他相关的多维数据类型并排进行癌症生物标志物的研究。

GW生物医学科学研究所的学生Hayley Dingerdissen博士说:“许多研究小组进行了研究,报告了潜在可行的可用癌症生物标志物数据。将这些数据合并成一个单一的元资源用来促进更有效的癌症生物标志物的研究和探索似乎是合理的事情,但现实是将异质结构化数据统一在一起会存在许多的挑战。”

为了应对与数据收集和访问相关的挑战,OncoMX团队致力于整合来自早期检测研究网络(EDRN)和FDA的公共癌症生物标志物数据,以及与持久标识符相关的其他相关数据,这些数据是长期的参考。其中包括文档、文件、网页或其他对象。该团队整合了诸如癌症突变、癌症差异表达、癌症表达特异性、人类和小鼠健康基因表达以及生物标记数据等信息。所得数据为使用BioCompute Object框架将异质生物标志物证据整合到OncoMX中提供了基础,以改善癌症生物标志物的探索。

GW学院生物化学与分子医学教授Raja Mazumder博士说:“ OncoMX旨在将现有与生物标志物相关的数据与可获得的新生成的数据结合起来,建立为癌症生物标志物研究量身定制的资源。专注于本体驱动的生物标记数据统一和各种相关实验数据的交叉比较,特别是包括大量文献挖掘发现,NCI的EDRN和FDA生物标记以及Bgee的健康基因表达数据是OncoMX独有的综合癌症资源。”

展望未来,OncoMX团队正在积极寻求新的数据类型,例如成像、聚糖生物标、药物靶标和替代剪接等。团队还继续致力于将数据模型扩展到新类型,根据用户要求整合FDA数据集以用于其他癌症,并扩展对关键癌症资源的交叉引用。

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