肠道菌群基因组测序帮助识别结肠癌隐患

时间:2020-04-01 18:15:51 来自:仰和健康

肠道微生物群由生活在肠道中的微生物组成,可以向我们提供关于我们健康的信息,因为它的组成可能取决于饮食、生活方式或病理等因素。因此,了解肠道中有哪些特定的细菌,有助于预测结肠癌等疾病。基因组测序方法的新进展,以及使我们能够分析数据的生物信息学工具,帮助我们通过分析肠道基因组来识别肠道中存在的数千种新微生物。

Bellvitge生物医学研究所和加泰罗尼亚肿瘤研究所(ICO)的一组研究人员在肠道菌群基因组分析中进行了中试。在这项研究中,他们通过两种不同的测序方法分析了九名患者的结肠活检和粪便样本。目的是实施测序技术和生物信息学分析工具。

这是首次对旨在更广泛范围的项目进行研究。这次试验中获得的数据将作为设计Colonbiome项目分析方法的基础。这个更广泛的项目旨在寻找可用于早期发现结肠癌的微生物群标记物。为此,结肠活检和粪便样本将从健康患者和结肠直肠癌不同阶段的患者中采集。然后,将对微生物群基因组进行测序,以识别各组之间的差异。

研究中比较了两种测序方法:16s和Shotgun。第一个侧重于微生物的单个基因的序列,而第二个则为我们提供了整个基因组的完整序列。尽管单个基因的测序灵敏度较低,但可能更便宜。

此外,对仅存在于微生物群中的基因进行测序,使我们能够分析活检样品而不受人类基因组的干扰。此外,中试测试表明这两种技术是一致的。虽然完整的测序更加敏感也可以区分更多的微生物种类,但结果与单基因测序并不矛盾。

这项试验性研究中获得的所有数据已输入欧洲核苷酸档案,这是一个公共和协作数据库,为整个科学界的利益共享所有类型的基因组序列。此外,第一次试验的所有结果都发表在《科学数据》杂志上,其中详细介绍了所使用的序列和生物信息学分析方法。

这项研究不仅为该小组的未来工作提供帮助,而且还为正在进行类似分析或尝试新的生物信息学工具的所有研究小组提供帮助,这些研究小组可以公开获取本研究中获得的所有结果研究。此外,研究人员保证他们还将公开随后研究的所有细节,以继续促进该领域的合作和进步。

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