新的预测算法可识别以前未检测到的癌症驱动基因

时间:2020-11-13 14:20:02 来自:仰和健康

由加利福尼亚大学欧文分校的研究人员领导的一项新研究加深了对肿瘤发生中表观遗传机制的理解,并揭示了以前未发现的癌症驱动基因。该研究发表在本周的《科学进展》上。

通过使用一种称为DORGE(利用遗传和表观遗传学特征发现癌基因和肿瘤抑制基因)的新预测算法,研究人员能够通过整合新的肿瘤抑制基因(TSG)和癌基因(OG),特别是那些具有罕见突变的肿瘤基因。最全面的遗传和后生数据收集。

“尽管表观遗传学改变与癌症驱动基因有关,但现有的生物信息学算法仍不能充分利用表观遗传特征来预测癌症驱动基因,”资深作者魏丽博士(Grace B. Bell主席)说。以及UCI医学院生物化学系的生物信息学教授。“我们的计算算法整合了表观遗传和遗传交替的公共数据,以改善对癌症驱动基因的预测。”

癌症是由破坏细胞分裂和细胞凋亡之间平衡的关键遗传改变积累而成。具有影响癌症进程的“驱动程序”突变的基因被称为癌症驱动程序基因,根据其在癌症进程中的作用,可以分为TSG和癌基因OG。

这项研究证明了DORGE预测的癌症驱动基因如何既包括已知的癌症驱动基因又包括当前文献中未报道的新型驱动基因。此外,研究人员发现DORGE预测为TSG和OG的新型双重功能基因在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)和药物/化合物-基因网络的枢纽中高度富集。

“我们的DORGE算法成功地利用了公共数据,发现了在癌症驱动基因失调中起重要作用的遗传和表观遗传学改变。”这些发现可能有助于将来改善癌症的预防,诊断和治疗工作。”

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